Krasnodar şehrinin temelleri Rusya İmparatorluğu sınırlarını koruma amacıyla atılmış. Rus Çariçe Katerina, Kazaklara imparatorluğu korumaları karşılığında Krasnodar bölgesini vadetmiş. Kazakların başarılı hizmetinden sonra Katerina bu bölgeyi onlara hediye etmiş. Şehrin ilk adı olan Ekaterinodar, “Katerina'nın Hediyesi” anlamına geliyor. Bu isim devrimden sonra Lenin tarafından “Kırmızı Hediye” anlamındaki Krasnodar adıyla değiştirilmiş.